文献研究室是我院医史文献学科的主要科室之一。2006年12月被列为省中医局重点学科建设单位，2008年12月通过验收，正式列为“陕西省重点中医药基础学科”。文献研究室负责学科建设的日常工作。目前，该科室主持“金元时代学术流变与学术创新相关性的研究”和“基于知识元信息技术的中医温病古籍整理研究与知识挖掘”等两项国家中管局中医药科研专项，“孙思邈医学知识库建设的基础研究”等三项省中管局科研课题，并参与“基于《伤寒论》方证治法药物性味配伍规律研究”等相关课题的研究工作，课题总经费13.5万元。2009年，该室在省级以上期刊发表论文11篇，在全国性学术会议交流论文5篇，完成了《中医经典医案注释丛书》和《中医传统文化读本》相关古籍的整理工作。目前，该科室正积极准备为我院临床工作提供中医古文献的咨询、检索、查阅、利用等方面的协助与支持。