陕西省中医药研究院前身系陕西省中医研究所,始建于1956年9月10日。当时,全所仅有职工 19人,其中老中医12人,房屋30间,图书资料仅500余册。

1957年9月中医研究所迁往现址,并成立了文献研究室、临床研究室和中药方剂研究室,又在省医院第二门诊部开设病床30张。1960年8月与省人民医院合署办公,12月将原省针灸研究所并入中医研究所。

1965年2月中医研究所与省人民医院分开办公,并将该院第二门诊部和原陕西省药物研究所并入中研所。一院三所合并后职工总数发展到227人,病床增至100张。这一时期的工作主要是:收集整理研究中医秘方、验方和地产中药标本采集研究等。同时,建立了本省名者中医通讯研究员座谈会。我院的骨科治疗的新技术、新方法获全国科技群英大会 金质奖。我院首创的电针疗法波及全国影响极大。

在众所周知的“文革”年代,我院的各项工作进展维艰,大批科技人员和技 术骨干被揪斗,下放或调离,职工总数锐减到不足百名。在极其困难的环境下当时的所领导班子坚持党的中医政策,积极带领全体职工勤奋工作,承担了国家攻关课题一老年哮喘病的防治研究及针刺镇痛研究,并且取得了可喜成绩。同时,电针疗法也有了进一步发展。针刺镇痛研究处于全国领先地位,值得特别一提的是老年慢性气管炎哮喘病治疗很受患者欢迎,门诊病人常常带着被子夜间队挂号。这一疗法在群众中很有影响。在基本建设方面,上级领导机关在经费建材极为困难的情况下给予最大支持。 

1973年，我院医疗大楼开始建设,全体职工发扬延安精神,自己动手积极参与拆除旧房,挖大楼地基等劳动,历经八年终于使建策面积达8000平方米的医疗大楼于1980年竣工使用。

1978年，我院迎着新时期的曙光,科技队伍迅速壮大,职 工总数上升到500余人,从此揭开了走向全面发展的新篇章。  

1978年9月,中共中央就贯彻党的中医政策,解决后继乏人问题发出了56号文件。

1979年,省委、省政府也专门发出了加强我省中医工作的通知,为我院的发展创造了良好的氛围。

1980年，省委省政府决定将陕西省中医研究所升格为陕西省中医药研究院,同时加大了对我院的基建投入,继医疗大楼之后又相继建成了综合科研大楼、药厂,总建筑面积由建所初不足500平方米发展到2.5万平方米,科研、医疗设备逐步得到加强。

截至2000年底,全院拥有仪器设备总计488万 元,其中万元以上有40台(件)。图书馆藏书达14万册,其中线装古籍中医药书籍2万多 册,成为西北地区最大的中医药图书馆。科研实验药厂设有4个生产线,附属医院自产制 剂共5类112种。使我院形成了科研、医疗、教学、生产为一体的西北地区最大的中医药科 研医疗指导中心,并被列为国家中医药科研基地和卫生部临床药理基地之一。附属医院被评为“全省改革先进单位”和“文明医院” 。

随着国民经济的发展和改革的不断深化,我院迎来了跨越式发展的新机遇。2001年9月,经省政府同意,在原附属医院和附属肛肠医院的基础上,组建陕西省中医医院,与陕西省中医药研究院实行两个机构、一套领导班子,实行统一管理,解决了制约我院发展的瓶颈。

2008年,新的住院综合楼经省发改委立项建设,总投资3.89亿元,建筑面积5.8万平方米，住院综合楼于2013年底投入使用,使全院业务用房面积达到8.1万平方米。

近年来,随着国家中医药战略的稳步实施和“健康陕西”步伐的加快，我院科研与医疗同步发展,秉持“厚德弘道，济世笃行”的院训宗旨，全心全意为人民群众的健康服务。

全院职工总数1031人,专业技术人员918人,其中高级专业技术人员226人,博士、硕士238人,国家有突出贡献专家16人,省级名老中医23人。拥有科研、医疗设备10891台(件),其中50万元以上设备37台(件),全院设备总值人民币1.62亿元。科研内设机构有:中药研究所、文献医史研究所、肾病研究所、针灸研究所、皮肤病研究所、老年病研究所。医院设有40个临床医技科室,拥有国家临床重点专科5个,国家中医药管理局重点专科9个,成立专病医院4个。年门诊量90万人次,出院病人4万人次,初具全省中医科研医疗龙头机构规模。

2020年3月，医院迁建项目暨医院沣东院区正式开工建设，全院即将迈入跨越式发展的快车道。未来将在两个院区的布局上，继续以科研为引领，以服务为先导，以医疗为基础，以人才为保障，充分发挥中医药在疾病预防、治疗、康复中的独特优势，朝着“创建西部一流、全国知名的中医名院”的目标继续前进，为健康陕西、健康中国建设贡献更大力量！